1998年以来，北京大学共获得国家社会科学基金项目优秀成果奖（1999年）特别荣誉奖2项、一等奖2项、二等奖4项、三等奖8项；第二至六届高等学校科学研究优秀成果奖（人文社会科学）（1998年、2003年、2006年、2009年、2012年）一等奖27项、二等奖80项、三等奖100项、普及奖10项；第五至第十二届北京市哲学社会科学优秀成果奖（1998年、2000年、2002年、2004年、2006年、2008年、2010年、2012、2014年）特等奖7项、一等奖87项、二等奖188项；合计获得省部级以上奖项515项。各项数据位居参评单位之首。

2013年度北京大学作为第一完成单位获得国家科学技术奖5项，其中自然科学奖4项，技术发明奖1项，获奖总数连续多年维持在高位。同时，2013年度北京大学作为第一完成单位获得“高等学校科学研究优秀成果奖（科学技术）”13项（一等奖7项，二等奖6项），获得一等奖数量为高校并列第一；近十年，北大获得教育部科技奖一等奖总数为高校第一。

北京大学发表的科学论文呈现总量合理增长、质量不断提高的态势，科学论文的影响力明显增强, 论文被引用次数在国内高校中始终名列前茅。2013年，北京大学发表SCI收录科研论文5889篇（其中第一作者3360篇）、平均影响因子 3.68，其中包括：Science 6篇，Nature 7篇（Nature子刊38篇），Cell 5篇。

专利工作是北京大学科技创新体系的重要组成部分。2013年度北京大学共申请专利509项（本部390项、医学部119项），申请国际专利 6项、外国专利9项；获权专利383项（本部287项、医学部96项），其中国内专利381项、外国专利2项。在保证专利质量的前提下，近年来授权量有显着增长。

20世纪80年代中期以来，北京大学积极发挥高校社会服务的职能，努力推动科技成果转化，经过三十多年的努力，形成了具有显着竞争力和影响力的科技企业和产业。近年来，北京大学认真贯彻落实中央创新驱动发展战略，将科技成果转化工作纳入到学校“双一流”建设方案中，成立学校主要领导担任组长的科技成果转化工作领导小组，加强顶层设计，完善制度体系，在校企联合研发、高价值专利运营、新型研发机构建设、技术转移转化等方面取得了良好的业绩，逐步探索出符合北大学科特点的科技成果转化模式，为经济社会发展贡献力量。

北京大学积极推进与国内外科技领军企业进行持续、稳定的高端技术联合创新，与华为技术有限公司、深圳市腾讯计算机系统有限公司、北京百度网讯科技有限公司、德国拜耳公司（Bayer）、德国勃林格殷格翰公司(BI)、美国安进公司(Amgen)等50余家大型企业签署共建联合研发平台协议，合作领域涉及网络空间安全、大数据、现代医疗、高端智能设备、生态修复、金融科技、智慧教育等多个领域。学校多项自主创新成果通过技术转让、许可或作价投资入股与相关企业合作产生良好效果。累计的全校技术合作合同额处于稳定增长。在服务地方政府经济社会发展方面，围绕经济转型升级、产业布局及社会民生需求，北京大学陆续与广东东莞市、天津市滨海新区、江苏启东市、江苏常熟市、山东省潍坊市、杭州市萧山区、南京江北新区等地方人民政府联合组建了新型研发机构，聚焦当地产业发展，以市场需求为导向，通过技术研发、技术转移、技术服务、项目孵化、人才培育等一体化服务，构建创新水平与国际同步、研发活动与国际融合、体制机制与国际接轨的“世界领先、国内一流”的现代产业科技创新基地。